在《哪吒2》的原始设定中，编剧团队曾大胆重构封神宇宙。泄露的剧本显示，被删减的12场戏包含对传统神话的解构：太乙真人被塑造成权力斗争中的失败者，而龙王三太子敖丙则有着颠覆性的人物弧光。这些设定因不符合主流价值观，在剧本阶段就被要求修改。
最具争议的删减发生在世界观构建部分。原版开场10分钟的动画详细描绘了混沌初开的场景，用粒子特效呈现道教"一气化三清"的概念。制片方担心观众理解困难，最终将该片段压缩至2分钟。此外，石矶娘娘的复活剧情因涉及转世轮回的宗教元素，在送审时被要求淡化处理。
美术团队公开的设计图透露，被删场景包含3个全新幻境场景，制作耗时8个月。其中"幽冥血海"场景因视觉冲击力过强，在试映时导致部分观众不适。最终版本改用象征性手法表现，损失了原著中"剔骨还父"的戏剧张力。